Cuaderno colab - secuenciación de virus utilizando tecnologia de nanoporos

Esta manual (Cuaderno Colab) se preparó como parte de los talleres de capacitación realizados por el grupo de Virologia. Estos talleres estan dirigidos al análisis bioinformático para la identificación de patógenos a partir de datos metagenómicos. Los talleres son teorico-practicos y comprenden tanto la preparación de librerías como el analisis bioinformatico. EL manual es abierto y se enfoca en el análisis de las secuencias obtenidas de cada librería. Requiere la ejecución de 5 pasos, descritos brevemente a continuación:

Para poder instalar los programas bioinformáticos y correr nuestros datos, se necesitan dos pasos obligatorios: 1-instalar conda y 2-conectar nuestro Drive al Google Colaboratory. Posteriormente, el procesamiento de lecturas incluye 3 fases: control de calidad (3), extracción de lecturas no eucariotas por mapeo (4), y asignación taxonómica (5).