From the Field La chasse à la sorcière : une expédition scientifique en Guyane française
En 2024, trois chercheur.e.s de l’Alliance de Bioversity International et du CIAT sont arrivé.e.s en Guyane française après un signal d’alerte : la « balai de sorcière », une maladie dévastatrice du manioc, pourrait avoir traversé l’océan. Voici l’histoire de l’expédition lancée pour traquer le balai de sorcière.
Les sorcières ont longtemps été des figures de la superstition, entre peur populaire et imagination. Certains juraient les avoir vues, mais elles vivaient presque toujours dans des récits déformés et des histoires fantaisistes.
Jour 1 : Comment chasser une sorcière au 21e siècle ?
En 2023, les producteur.rice.s de manioc des zones reculées de Guyane française ont vu leurs cultures dépérir. En arrachant des tiges pourries du sol, ils ne trouvaient pas de grosses tubercules de manioc, mais à peine des racines de la taille d’une carotte. Les agences locales (FREDON en Guyane française et Rurap au Brésil) ont signalé l’ampleur du problème aux organismes officiels de recherche agricole de la région et, en 2024, des chercheur.e.s de l’Alliance ont entrepris une expédition scientifique pour répondre à une seule question : le balai de sorcière avait-il atteint le continent ?
Le voyage de la Colombie à la Guyane française fut long et épuisant : 27 heures, quatre vols et trois pays traversés. Le climat tropical et humide se ressentait sur la peau, s’infiltrant dans les pores et formant une seconde couche : poisseuse, dense, comme si la jungle, qui recouvre 80 % du territoire, s’agrippait au corps. Bien que géographiquement située en Amérique du Sud, la Guyane est un territoire d’outre-mer français bordant l’Amazonie brésilienne et le Suriname. Il n’est pas étonnant que la sorcière ait choisi de s’y cacher, dans ce dernier recoin du continent.
À 4 heures du matin, les collègues de la FREDON, aux côtés de l’équipe de l’Alliance, étaient déjà sur le pied de guerre. Juan Manuel Pardo, Alejandra Gil-Ordóñez et Wilmer Cuéllar ont chaussé leurs bottes et, sous la pression du temps, sont parti.e.s traquer le balai de sorcière sur le terrain. Ils n’avaient que quatre jours pour tout accomplir : collecter des échantillons, les analyser, présenter leurs résultats et repartir.
Plantes présentant différents degrés de la maladie du balai de sorcière.
Plantes présentant différents degrés de la maladie du balai de sorcière.
Conception créée par Ximena Hiles / Alliance Bioversity & CIAT
Les plantes avec différents degrés de maladie du balai de sorcière.
Lorsqu'ils atteignent le champ après quatre heures de route, le soleil est déjà au zénith. Une culture de manioc qui, à première vue, semblait normale, s'est transformée en une chasse effrénée.
Ils avaient parcouru suffisamment de champs en Asie, où la maladie a été identifiée pour la première fois en 2008, pour reconnaître le balai de sorcière à son apparence : la déformation des plants, leur croissance anormale, les branches naines qui ressemblent à des balais… Depuis le début de l’année 2020, l’équipe de protection des cultures de l’Alliance, en collaboration avec des partenaires internationaux, travaille sur l’identification et la gestion du balai de sorcière en Asie du Sud-Est. En 2022, Wilmer a séjourné quatre mois dans cette région, ce qui lui a permis de mieux comprendre le problème et de diriger l’équipe qui, grâce à une combinaison de pathologie végétale classique et de séquençage moderne de l’ADN, a réussi à lever un de ses nombreux mystères : le véritable coupable était un champignon portant un nom propre : Ceratobasidium theobromae.
Pourtant, les chercheur.e.s ont inspecté le champ de fond en comble, prélevant au hasard des échantillons de plants en Guyane française. « C’est la première fois que j’observe ce symptôme dans cette partie du monde », confia Juan Manuel Pardo, microbiologiste et phytopathologiste de l’équipe. Depuis plus de dix ans, il tente de percer les secrets du balai de sorcière, une quête qui l’a également conduit en Asie du Sud-Est, où, dans des pays comme le Laos, le Cambodge, le Vietnam et la Thaïlande, la maladie atteint des incidences allant jusqu’à 90 % dans certaines régions, affectant gravement la production de manioc.
Jour 2 : L'ADN de la sorcière
La tunique bleu clair, fine et translucide, les recouvrait comme une seconde peau. Gants enfilés, concentration absolue : une bataille silencieuse et microscopique pour démasquer la sorcière. Au moment de vérifier qu’ils avaient tout pour révéler l’ADN du balai de sorcière, ils réalisèrent qu’il manquait quelque chose d’essentiel : l’azote liquide. Ils avaient tout le reste : les échantillons prélevés sur le terrain, le protocole détaillant chaque étape de la procédure, l’excitation. Tout, sauf cela. Sans azote, impossible de congeler les tissus, impossible de les broyer, impossible d’en extraire l’ADN. Rien ne pouvait avancer.
Pendant un instant, toute la mission fut suspendue. S’ils ne l’obtenaient pas à temps, l’expédition — des jours de voyage, d’efforts et de préparation — risquait de s’effondrer. Ils réorganisèrent les tâches. Révisèrent les protocoles. Attendirent.
Lorsqu’il arriva enfin, bouillant de froid, couvert de vapeur blanche, le processus pouvait commencer. « L’azote liquide, c’est comme frire à l’envers », lança quelqu’un. Il ne chauffe pas, mais congèle si vite et si violemment qu’il brûle. À -196 °C, tout s’arrête : l’activité enzymatique, la décomposition cellulaire, la dégradation de l’ADN…
La scène ressemblait presque à une opération chirurgicale. Alejandra Gil, chercheuse et bioinformaticienne, menait la procédure. Précise, méthodique. Juan Manuel l’assistait et, ensemble, ils fredonnaient une chanson qui rompait le silence technique des lieux. À l’arrière, Wilmer observait, tel un médecin en coulisses, s’assurant que le protocole conçu en Asie du Sud-Est était suivi à la lettre.
Les échantillons prélevés la veille furent congelés à l’azote liquide puis broyés en une fine poudre. À partir de là commença l’extraction proprement dite : briser les cellules et libérer l’ADN. Le processus, répété pour chaque échantillon, devait être rapide, avant que l’azote liquide ne s’évapore.
Après six longues heures, l’ADN fut enfin extrait. C’était au tour de la PCR (réaction en chaîne par polymérase), une technique qui permet de copier des millions de fois un minuscule fragment de matériel génétique. Ainsi, l’invisible devient visible. Si la sorcière se cachait là, parmi les gènes, la PCR l’obligerait à apparaître au grand jour.
Jour 3 : L'heure de vérité
L’humidité de Cayenne, la capitale de la Guyane, était implacable. Et ce n’était pas seulement la météo qui faisait transpirer l’équipe de chercheur.e.s : c’était désormais l’angoisse de connaître le résultat. Voilà deux jours qu’ils travaillaient à la limite de leurs forces.
La journée avançait à un rythme chirurgical. Entre tubes, micropipettes et réactifs, on pouvait sentir la charge émotionnelle du moment. À ce stade du voyage, la fatigue physique était évidente, mais la concentration demeurait intacte.
L’instant le plus intense survint avec l’électrophorèse des produits de PCR diagnostique, une technique permettant de déterminer si l’ADN extrait appartenait bien au même pathogène identifié en Asie du Sud-Est.
Pour cela, l'équipe avait conçu une clé moléculaire : une séquence spécifique qui ne sert qu'à ouvrir une porte très particulière, celle de l'ADN de Ceratobasidium theobromae. C’est comme essayer d’ouvrir une porte avec une clé faite sur mesure. Chaque organisme a la sienne, et le diagnostic consiste à tenter de l’utiliser. Si la clé est la bonne, la porte s’ouvre. Et une bande apparaît.
Plusieurs bandes pouvaient se dessiner sur le gel. Mais si l’une d’elles surgissait exactement à l’endroit attendu, cela signifiait que la clé avait fonctionné. Que l’ADN de la sorcière se trouvait dans l’échantillon.
Et c’est ce qui arriva. Un signal précis, net, exactement à la bonne place. Il restait encore à l’observer au microscope, à le séquencer entièrement. Mais quelque chose avait changé.
La sorcière n’était plus un soupçon ni un mythe. Elle était une présence, une réalité.
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Jour 4 : La sorcière a-t-elle traversé l'océan ?
Pour le chercheur Juan Manuel, Cayenne ressemble de façon frappante et troublante au Vietnam. Non seulement à cause de ses bâtiments bas, d’un ou deux étages, aux toits inclinés recouverts de tôle cuivrée, mais aussi parce qu’une même menace habite ces deux lieux : la sorcière.
Ces toits ne relèvent pas seulement de l’esthétique : ils sont conçus pour résister aux pluies abondantes, à la chaleur dense et à l’humidité constante. « C’est le climat parfait pour la maladie », avait commenté Juan Manuel dès le premier jour sur le terrain. Tout semblait conspirer en faveur du pathogène. Une coïncidence qui résonnait comme un avertissement dès le départ.
L'équipe
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