La maladie du balai de sorcière du manioc prend son envol

Le 18 juillet 2025. En 2023, les cultivateurs de manioc de la lointaine Guyane française ont observé avec stupeur le flétrissement de leurs cultures. Ils ont arraché les tiges délabrées du sol. Au lieu de découvrir d'énormes bouquets de racines, qui sont la pierre angulaire des régimes alimentaires dans toute l'Amérique du Sud, ils n'ont rien trouvé de plus gros que des carottes. Les agences locales (FREDON en Guyane française et Rurap au Brésil) ont informé de l'ampleur du problème les agences officielles de recherche agricole travaillant dans la région et, en 2024, une notification officielle a été envoyée au ministère brésilien de l'agriculture, signalant ce qui semblait être une nouvelle maladie à l'époque, présente uniquement en Asie du Sud-Est. Après avoir analysé les résultats d'une expédition menée par l'Alliance de Bioversity International et du CIAT et des agents locaux en Guyane française, les chercheurs identifient le problème : la cassava witches' broom disease, qui est causée par un champignon peu connu. Il s'agissait du premier signalement de l'agent pathogène sur le continent américain. En 2025, les deux premiers rapports confirmés dans le plus grand pays d'Amérique latine, en mars et en mai, étaient distants d'au moins 1 000 km.

Les scientifiques de l'Alliance de Bioversity International et du CIAT (L'Alliance) et de la Corporation brésilienne de recherche agricole (Embrapa) ont lancé un plan d'intervention rapide en juin 2025 afin d'atténuer la propagation de la maladie et de formaliser les efforts de collaboration entamés au début de l'année. La préoccupation immédiate est de ralentir ou de contenir la propagation du balai de sorcière et d'éviter une catastrophe continentale en matière de sécurité alimentaire.

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America - Cassava consumption - LAC

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America -Cassava harvested - LAC

"Nous sommes face à une urgence", a déclaré Paulo Melo, chercheur au Bureau des relations internationales de l'Embrapa, lors d'une réunion stratégique au siège de l'Alliance pour les Amériques en Colombie. "Le manioc est un aliment quotidien au Brésil. Si les producteurs, en particulier de nombreuses femmes et communautés indigènes, n'ont pas de racines de manioc, ils n'auront rien à manger ni de quoi gagner de l'argent."

Le nord du Brésil est l'un des plus grands consommateurs de manioc au monde. Le Brésil est de loin le plus grand producteur de manioc d'Amérique latine. La maladie du balai de sorcière du manioc (CWBD) a des taux d'infection des plantes atteignant 90 % en Asie du Sud-Est, où l'Alliance a pour la première fois identifié le champignon pathogène comme étant la cause de la maladie en 2023. Les premiers rapports font état d'un taux de mortalité du manioc extrêmement élevé au Brésil et en Guyane française.

Le manioc est une source essentielle de calories, d'hydrates de carbone, de vitamines et de micronutriments. Facile à cultiver, même dans les conditions les plus difficiles, ses racines et la farine qui en est issue jouent un rôle important dans les régimes alimentaires. , en particulier les petits exploitants agricoles. De nombreux pays africains consomment plus de manioc par habitant que le Brésil. Jusqu'à présent, l'encéphalopathie spongiforme bovine n'a pas été signalée en Afrique.

La propagation de la maladie au Brésil est d'autant plus préoccupante que l'Amazonie est le centre d'origine du manioc, ce qui signifie que c'est là qu'il a été domestiqué pour la première fois et qu'il abrite la plus grande biodiversité naturelle de la plante, y compris au moins 98 espèces sauvages apparentées. La maladie étant nouvelle en Amérique du Sud, les scientifiques pensent qu'il existe peu de résistance naturelle à cette maladie.

Bien qu'une ligne de recherche distincte soit nécessaire, le CWBD est probablement passé d'un hôte encore inconnu en Asie du Sud-Est au cacao, à l'avocat et au manioc, ce qui soulève la crainte qu'il puisse repasser du manioc au cacao ou même au cupuaçú en Amérique du Sud, qui est également le centre d'origine de ces cultures. Les chercheurs de l'Alliance espèrent comprendre la sensibilité du cacao au champignon responsable du balai de sorcière, Ceratobasidium theobromae.

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America - Image 1 — Culture du manioc en Guyane française. Crédit photo : Ramirez Elizabeth

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America - Image 2 — Détail d'une feuille de manioc affectée par la maladie du balai de sorcière du manioc. Crédit photo : Ramirez Elizabeth

La science au service de la prévention

La CWBD ayant traversé l'Amérique du Sud, la course est lancée pour comprendre l'ampleur de la menace. La collaboration Alliance-Embrapa a mis en place plusieurs actions immédiates visant à contenir le balai de sorcière. À terme, les chercheurs espèrent trouver un moyen de traiter la maladie, ou comprendre la résistance naturelle de certaines variétés de manioc à l'agent pathogène et transférer ces caractéristiques dans de nouvelles lignées de sélection.

Il n'existe actuellement aucun traitement pour la CWBD. La seule façon de l'éradiquer est de collecter toutes les plantes infectées dans une zone et de les brûler. Mais comme certaines tiges de plantes infectées restent viables pour la plantation - celles qui ne présentent pas de signes extérieurs d'infection - on pense que la transmission est fortement liée au commerce des tuteurs de manioc, qui sont le principal matériel pour la propagation du manioc.

"La principale préoccupation de l'Embrapa est maintenant d'arrêter le balai de sorcière afin qu'il ne mette pas en danger la vie et les moyens de subsistance de millions de personnes", a déclaré Jane Simoni, du bureau des relations internationales de l'Embrapa. "Ce travail concerne la collaboration Sud-Sud et la lutte contre la faim et la pauvreté. Ce problème concerne directement les personnes les plus vulnérables dans les régions très pauvres d'Amérique latine".

Les priorités immédiates consistent à cartographier la répartition et la gravité de la maladie dans le nord-est du Brésil. Pour ce faire, les scientifiques devront mettre en œuvre un ensemble normalisé d'outils moléculaires, d'abord développés pour l'Asie du Sud-Est, qui peuvent être utilisés pour la détection sur le terrain de C. theobromae. Les chercheurs de l'Alliance ont pour objectif de déployer cette technologie dans la région et de fournir des outils de détection au vaste réseau d'experts de l'Embrapa.

Les scientifiques veulent également cartographier la diversité du manioc et collecter de toute urgence les variétés sauvages apparentées au manioc et les variétés locales de manioc - les variétés que les agriculteurs ont sélectionnées et cultivées au fil des générations. Mais la clé pour les chercheurs est d'atteindre les plantes avant qu'elles ne soient infectées.

Le Brésil conserve de vastes collections de variétés de manioc et de plantes sauvages apparentées. Mais Melo, de l'Embrapa, a déclaré que de nouvelles expéditions de collecte devraient être lancées prochainement. Une partie de la collaboration entre l'Alliance et l'Embrapa consisterait à apporter du nouveau matériel à la banque de gènes de l'Alliance en Colombie, Future Seeds, qui possède près de 6 000 accessions (échantillons de plantes) de manioc provenant de 28 pays, dont 1 557 du Brésil.

Les accessions doivent être maintenues en vie et reproduites in vitro, une tâche délicate. Les échantillons de plantes doivent être rapidement transportés dans des installations appropriées pour garantir qu'ils restent en vie.

Les chercheurs de Future Seeds distribuent chaque année plusieurs nouvelles variétés de manioc, mais la sélection de nouvelles variétés prend beaucoup de temps. Des analyses antérieures de l'Alliance ont permis d'identifier des sources de résistance à la maladie des stries brunes du manioc, une menace majeure en Afrique. La recherche sur la maladie des stries brunes fait partie des recherches en cours de l'Alliance recherche.

"Il est difficile de sous-estimer l'importance des collections de germoplasme de manioc", a déclaré Jonathan Newby, le chef de l'équipe de recherche sur le manioc de l'Alliance. "Ils forment l'ossature génétique de la sélection de nouvelles variétés et de la découverte et de la compréhension de la résistance naturelle aux maladies. Il est essentiel que le matériel menacé par le balai de sorcière soit collecté, soumis à un dépistage des maladies et rapidement transporté vers des installations de stockage in vitro pour la recherche".

Sur les quelque 300 variétés de manioc qu'ils ont testées, les sélectionneurs de manioc de l'Alliance ont trouvé plusieurs variétés qui présentent une résistance au balai de sorcière en Asie du Sud-Est. Le manioc de Future Seeds et d'autres banques de gènes pourrait également présenter un certain niveau de résistance. Si le pathogène est nouveau en Amérique du Sud, il est peu probable que de nombreuses plantes présentent une résistance naturelle, mais les scientifiques espèrent qu'il en existe une.

"Tout cela demande du temps et des ressources", a déclaré M. Simoni de l'Embrapa. "On ne peut pas faire une expérience cette semaine et avoir les résultats la semaine suivante. Ce n'est pas comme ça que ça marche. Nous nous efforçons de réunir rapidement le plus grand nombre possible d'experts internationaux pour relever ensemble ce défi. Nous devons également veiller à ce que l'Afrique soit préparée, car l'impact du balai de sorcière pourrait y être profond. Nous devons agir maintenant. Il s'agit d'une science au service de la prévention.

Le travail sur le balai de sorcière s'appuie sur des décennies de collaboration entre l'Alliance et l'Embrapa, qui est récemment entrée dans une nouvelle phase axée sur le renforcement des liens entre les organisations.

"L'Alliance et l'Embrapa s'attendent à apporter des contributions significatives non seulement à la réponse et à la recherche sur le balai de sorcière, mais aussi à d'autres intérêts mutuels, y compris la sécurité alimentaire, l'action climatique et la transformation du système alimentaire", a déclaré Maya Rajasekharan, le directeur général de l'Alliance pour les Amériques.

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America - Image 3 — Le scientifique Juan Manuel Pardo analyse la maladie du balai de sorcière du manioc en laboratoire. Crédit photo : Ramirez Elizabeth

Cassava Witches’ Broom Disease takes flight in South America - Image 4 — Structure de la maladie du balai de sorcière au microscope. Crédit photo : Ramirez Elizabeth

Un champignon fastidieux

Les scientifiques et les partenaires de l'Alliance sont à l'avant-garde de l'augmentation troublante du CWBD au cours des dernières années. En plus d'identifier C. theobromae comme la cause du balai de sorcière en Asie du Sud-Est (que l'on croyait auparavant être une infection bactérienne ou virale), les chercheurs ont également cultivé le champignon dans des conditions de laboratoire, un exploit inédit qui a pris deux mois aux chercheurs. Cela permet aux chercheurs de mieux comprendre le fonctionnement du champignon, de le tester dans des conditions contrôlées sur des plants de manioc, de concevoir éventuellement des méthodes de traitement et d'obtenir des variétés résistantes à l'encéphalopathie des cervidés.

"Il appartient à une famille appelée 'champignons fastidieux' et il porte bien son nom", a déclaré Wilmer Cuellar, qui dirige l'équipe de protection des cultures de l'Alliance. "Il est difficile de l'identifier, très difficile de l'isoler, et il a fallu des décennies aux scientifiques pour l'associer au balai de sorcière".

Une fois que le laboratoire de Cuellar a séquencéC. theobromae, il a découvert qu'il infectait le manioc en Asie du Sud-Est depuis au moins les années 2000, et le cacao depuis les années 1960. L'incidence de la maladie du balai de sorcière semble cyclique et se manifeste souvent après de longues saisons des pluies. La région est actuellement confrontée à une autre épidémie majeure qui a débuté en 2022 dans au moins une demi-douzaine de pays qui produisent du manioc pour l'amidon, une activité de plusieurs milliards de dollars essentielle pour les petits exploitants agricoles de la région.

Cuellar craint que C. theobromae ne se comporte différemment en Amazonie. Les conditions d'humidité y sont beaucoup plus constantes qu'en Asie du Sud-Est, ce qui pourrait créer un environnement où le champignon pourrait prospérer et se propager rapidement. Si l'on peut prédire où le CWBD arrivera ensuite, il pourrait potentiellement poursuivre son chemin à travers les pays de l'Atlantique Nord de l'Amérique du Sud, y compris la Colombie, dont les plus grandes zones de culture se trouvent dans le nord du pays.

"Le terrain est totalement différent en Amérique du Sud et le champignon volera probablement", a déclaré M. Cuellar. "Nous constatons déjà qu'il se propage rapidement et que les symptômes sont plus graves. Il s'agit d'un problème majeur.